Il 14 marzo 1990 è stato inaugurato con un solenne concerto tenuto dal grande Jean Guillou, il nuovo organo costruito dalla ditta Zanin di Codroipo (UD) su progetto del maestro Massimo Nosetti, in sostituzione di quello originale di tipo pneumatico e con seri problemi al sistema pneumatico, nella cui sede sono rimaste solo le canne anteriori. Il nuovo organo, è stato installato nel lato sinistro del transetto, dopo la rimozione dell’altare di San Giuseppe, poichè la soprintendenza non diede il consenso al rifacimento della balconata. Ci furono molte polemiche per via della spesa, ma l'intervento del cardinale Ballestrero fece sì che i lavori proseguissero.